In cleanrooms is de luchtdruk altijd hoger dan die van de ruimte erbuiten. Op die manier kan vuile lucht zich geen weg naar binnen banen. In een cleanroom worden de stofdeeltjes in de lucht voornamelijk gefilterd door HEPA-filters (High-Efficiency Particulate Air) en – wanneer nog stringentere reinheidsprestaties nodig zijn – ULPA-filters (Ultra-Low Particulate Air). Een deeltjesteller of particle counter meet de concentratie van stofdeeltjes tussen 0,1 en 5 µm (micrometer) groot. Deze deeltjes zijn echter niet zichtbaar met het blote oog (een mens ziet deeltjes vanaf ongeveer 30 µm).
Daarnaast wordt de cleanroom stofwerend en steriel ingericht: specifiek ontworpen luchtsluizen en –douches, passboxen, overstapbanken, wanden en plafonds, vloeren, ramen, deuren en poorten. Ook bepaalde materialen, zoals stofarm papier of poedervrije handschoenen, worden gebruikt om vrijkomend stof te vermijden. Tot slot dienen ook de medewerkers zelf extra maatregelen te treffen: ze dragen een speciale uitrusting die verontreinigende stoffen opvangt van huid en lichaam. Denk maar aan een – al dan niet wasbare – overall, hoofdbedekking, overschoenen, mondmasker en/of handschoenen.